La colonia de San Pedro Alcántara, fundada por Manuel Gutiérrez de la Concha , primer marqués del Duero, contaba en el año 1861 con algo más de 500 habitantes, en lo que se puede considerar como el primer año del doblamiento. Las leyes de colonización, promulgadas en los años 1855, 1866 y 1868, proporcionaron a la colonia algunas ventajas. Entre ellas no tener que pagar determinados impuestos, así sólo pagaban la contribución anterior a la constitución de la colonia, por lo que las tierras reconvertidas en regadío pagaban como si fueran de secano, tal como estaban antes, y tampoco pagaban las nuevas construcciones: ni las casas ni otros edificios. Esta exención fiscal disgustó a los terratenientes y a los Ayuntamientos de Marbella, Estepona y Benahavís (los términos municipales por los que se distribuían las casi 5.000 hectáreas de la finca), que veían como la colonia perjudicaba sus intereses recaudatorios. Al mismo tiempo los colonos se veían libres de algunas prestaciones personales, entre las más importantes la exclusión del servicio militar, que entonces era bastante duro y peligroso, debido a las continuas guerras, tanto las carlistas como las sostenidas en las colonias americanas. Estas exenciones duraron el mayor tiempo posible, pues el caserío se construyó a propósito a más de 7 kilómetros de la capital del municipio, y de acuerdo con la normativa las ventajas permanecieron vigentes durante 25 años.
Lo que no pudo obtener el marqués del Duero del Gobierno fue las subvenciones solicitadas para llevar a cabo distintos proyectos. Así le fallaron los ingresos de las administraciones públicas para organizar como él hubiera querido la granja modelo de capataces agrícolas y tampoco llegaron los sueldos del médico, del maestro o del cura que las leyes tenían previsto que se abonasen a cargo del Estado para los nuevos núcleo depoblación.
Debido a esas dificultades, la colonia tuvo que valerse por sí misma desde su origen. De este modo hay información documental de cómo el primer alcalde pedáneo, Pedro Morito, reclamó en vano las ayudas estatales. El propio cronista oficial de Marbella, Fernando Alcalá, ha reconocido esa independencia de la que gozaba San Pedro durante gran parte de su historia, tanto para organizar su vida cotidiana como en sus relaciones con las distintas administraciones; afirmando que sólo para el servicio militar y para los asuntos que tuviera que ver con los juzgados había que acudir a Marbella.
La autonomía de un pueblo, al igual que la de una persona, se basa fundamentalmente en su autonomía económica, y la de San Pedro continuó durante muchos años. Así la Sociedad Colonia de San Pedro Alcántara, formada por los compradores Joaquín de la Gándara y Luis de Cuadra en el año 1875, mantuvo y acrecentó esa autogestión de la finca, pues los nuevos dueños inyectaron grandes cantidades de capital para mejorar la infraestructura del lafitundio.
Es la época en la cual se construyeron los embalses de Las Medranas, La Leche y Cancelada, pues no podemos olvidar que la colonia llegaba hasta el Charco de las Mozas, muy cerca de Benahavís y algo más allá del río Guadalmansa en término de Estepona.
En el paso del siglo XIX al XX la compañía mercantil que dirigía la colonia, con participación de empresarios españoles y franceses (entre estos la sociedad Fives Lille) aprovechó que el negocio del azúcar alcanzó un auge inusitado. Una muestra de esa efervescencia económica se vislumbra en elementos de modernidad que superaban lo que era un pueblo de 1.000 habitantes: un gran parque de maquinaria agrícola, electricidad, teléfono. Y una preocupación social que seguiría en los años siguientes: escuelas y hospital particulares, banda de música, batallón infantil y fiestas de gran categoría. Mientras tanto, los pueblos de alrededor soportaban crisis que obligaban a emigrar a sus habitantes, algunos de los que engrosaron el padrón sampedreño. La autonomía con respecto a Marbella continuaba.
En 1903 la Sociedad General Azucarera de España compró la fábrica de azúcar de El Ingenio, en 1910 se hizo con la totalidad de la finca. La presencia en los órganos de dirección de la compañía en Madrid de políticos y banqueros hizo que San Pedro Alcántara estuviese respaldado por los círculos de poder a nivel nacional. Por ello, no es de extrañar que cuando en los años 40 se comiencen a vender parcelas, el notario, y a veces el alcalde de Marbella se desplacen a San Pedro para firmar las escrituras de compraventa.
También resulta significativo que en los pocos meses que mediaron entre el comienzo de la guerra civil y la toma de San Pedro Alcántara por las tropas nacionales, julio de 1936 a enero de 1937, un Consejo Obrero gestionase la producción, el abastecimiento y el orden público de la finca, al margen de los comités populares que se crearon en Marbella.
Como hemos indicado, el fuerte ritmo de venta por parte de los terrenos de la colonia en múltiples parcelas de diferentes tamaños a partir de 1940 obligó al Ayuntamiento a hacerse cargo de los servicios básicos, que hasta entonces había asumido la sociedad propietaria: en primer lugar el abastecimiento de agua potable y la enseñanza. Las negociaciones duraron dos años y medio, desde enero de 1943 hasta diciembre de 1945, cuando las autoridades marbellíes decidieron comprar por 120.000 pesetas (721 euros) la Villa de San Luis para escuela de niños, el manantial de Fuente Nueva y el depósito de agua, y el lavadero de la plaza José Agüera. Las facilidades dadas por la sociedad de la colonia para cobrar en cinco plazos no fue correspondida por el Ayuntamiento, que en 1950 tuvo que renegociar la deuda. Y ello, a pesar de que el ente municipal
A finales de los años 70 los nuevos aires de libertad, aportados por la transición democrática, propiciaron nuevas reivindicaciones para San Pedro Alcántara. Los partidos políticos prometieron autonomía, y alguno de ellos (PSOE) independencia plena. Se consiguieron mejoras en infraestructuras básicas, pero la promesa de segregación quedó olvidada. Fue entonces cuando se creó un amplio movimiento ciudadano en el que quedaron integrados los dirigentes de los partidos políticos a nivel local, desde la izquierda a la derecha, pasando por el centro y los andalucistas.
El movimiento se formalizó en la creación de un partido independentista, ISP, liderado por el hasta entonces teniente de alcalde de la localidad, Manuel López, que consiguió 5 concejales en el año 1987, y tras una larga campaña el apoyo popular con más de 8.000 firmas, esto es la mayoría de las personas mayores de edad, que era el primer requisito para iniciar el camino para conseguir un municipio propio. Tras la negativa del Ayuntamiento de Marbella y la Junta de Andalucía a conceder la segregación, se inició un pleito en el Tribunal Superior de Justicia de Andalucía, resuelto desfavorablemente y actualmente en el Tribunal superior de justicia TSJ.